メモリーポリス
ビースト事件を世間から隠蔽するための TLT-J の組織。リーダーは首藤沙耶。ビーストやウルトラマンを目撃した人々を保護し、その記憶をメモレイサーと呼ばれる機器で消去する。
「この世界には知らない方が幸せなこともあり、秩序を守ることを優先すべき」という理論と、恐怖を餌とするスペースビーストの発生防止が組織の存在理由である。だがそれは同時にウルトラマンに助けられた記憶も消すことであり、ウルトラマンと人類との絆を奪ってしまうことでもあった。
ウルトラマンネクサス
正体不明の“光”。デュナミストと一体になる事で力と肉体を得る。
劇中では「光の巨人」、「ウルトラマン」と呼称され、「ネクサス」という呼称は最終回に1回だけ登場した。
デュナミスト(適能者)
ウルトラマンネクサスは「デュナミスト(適能者)」と呼ばれる人間と一体化する事で、地球上でその姿を保っている。いわば、ウルトラマンネクサスに変身出来る者を言う。デュナミストは一人だけではなく、複数人存在する。ただし、雑誌等での各ウルトラヒーローの紹介で孤門のみが紹介されることがある。
第1のデュナミストは映画『ULTRAMAN』に登場する真木舜一(ウルトラマン・ザ・ネクストに変身)であり、番組に登場するデュナミストはそれに続く2人目、3人目と呼ばれる。真木の消息については本作では触れられていない。
エボルトラスター
歴代のデュナミストに受け継がれる、ウルトラマンネクサスへの変身アイテム。その鞘を抜くことで光に包まれ変身する。デュナミスト以外、鞘を抜くことは不可能である。ビーストを探知することも可能。バリアを張ってデュナミストを守る機能もある(17話で溝呂木の攻撃を防御した)。モチーフは日本刀。
ストーンフリューゲル
デュナミストが召喚する石柩。普段は謎の遺跡内で石碑のように安置されているが、召喚されると白い飛行体に変化する。デュナミストにしか入ることは出来ない。デュナミストは、選ばれた者が夢の中でストーンフリューゲルに触れることで決定される。孤門の場合では現れなかったが、カットされていると推測される。
デュナミストはストーンフリューゲルの中に入ることで疲れを癒し、傷を治療することができるが、肉体に蓄積する根本的なダメージまでは癒すことが出来ない。
千樹憐がデュナミストになって以降は長く登場していなかったが、最終話で凪の前に登場する。この間、傷ついた姫矢准を治療していたという説がある。
ブラストショット
デュナミストに与えられている小型の銃。強力な真空衝撃波動弾を発射し、小型のスペースビーストならば一撃で仕留められる。真空衝撃波動はバリヤーとしても使用可能。
空に向かって撃つことでストーンフリューゲルを召喚することもできる。召喚中はバリヤーを張ってデュナミストを守る。
憐は EpisodeEX 、凪は最終回でのみ使用、孤門は一度も使用していない。
メタフィールド
ウルトラマンネクサス(ジュネッス)が作り出す「不連続時空間」。現実世界からは不可視の空間である。吉良沢が命名。メタフィールドは、アームドネクサスの右部分から発生する。メタフィールドにスペースビーストを引き込む事でウルトラマンネクサスはその本来の能力を発揮する事が出来る。しかし、メタフィールドを形成できる時間はわずか3分間しかない。タイムリミットを過ぎるとデュナミストは死亡してしまう。
ダークファウスト登場以降は、ビーストを人々から隔離する目的で展開されることがほとんどとなる。
スペースビースト(異生獣)
正体不明の人食いの怪物。人間サイズから数十メートルまで大きさはまちまちで(小型の物が多数合体して巨大になることも)、生物としての特徴も個体によってまったく異なる。地球上の生物にχ因子が影響して変身させることで多くは発生する。
既に多数の犠牲者が出ているが、隠蔽工作によって事故・行方不明として処理されているため、一般人にはその存在は知られていない。
ダークファウスト
“光”であるネクサスに正対する“影”の存在。「ダークレイ・ジャビローム」等といった必殺技でネクサスを苦しめる。スペースビーストを操ることも出来る。
その正体は、溝呂木眞也に操られ変身した斎田リコ。
ダークメフィスト
溝呂木眞也が、変身アイテム「ダークエボルバー」で変身した闇の巨人。ダークファウストと同等以上の能力を持つ。
ダークメフィスト(ツヴァイ)
メモリーポリスの三沢広之がアンノウン・ハンドに操られ、変身した姿。溝呂木のダークメフィストと同等の能力を持ち、同じ姿をしているが、目が赤いのが特徴(ダークメフィストの目は黒)。
ダークザギ
アンノウンハンドの正体。かつて失った自分の体を復活させるため、石堀隊員の姿を借りて暗躍していた。
凪の憎しみの心を利用してウルトラマンの光を奪い、遂に復活するが孤門が変身したウルトラマンネクサス=ウルトラマンノアの前に敗れ去る。
ダークエボルバー
溝呂木眞也、三沢広之がダークメフィストに変身する際に用いるアイテム。真空衝撃波動弾を発射する武器としても使用可能。モチーフは薙刀。
ダークフィールド
闇の巨人(ダークファウスト、ダークメフィスト)が作り出す「絶対の闇の空間」。メタフィールドと同じく、現実世界からは不可視の空間。このフィールド内では、闇の巨人とスペースビーストの力が強化され、ウルトラマンの力を奪う。
闇の巨人はメタフィールドに干渉してダークフィールドに変換できるが、ネクサスはダークフィールドに干渉できないため、ネクサスは常に不利な戦場で戦いを強いられることとなる(13話では、若干干渉は出来たものの、溝呂木に妨害された)。
闇の意志アンノウン・ハンド
ジュネッスブルーとナイトレイダーのまえに突然現れた謎の敵。ダークフィールドG(GはGeneratorの短縮、吉良沢が命名)という新たな空間を作り出し、ビーストの再生・進化を行う。 TLT 内部に潜み、暗躍する。その正体はダークザギである。
プロメテウス・プロジェクト
TLTの組織「アカデミー」の行った極秘計画。優秀な遺伝子を組み合わせて人工的に天才児を産み出した。千樹憐や吉良沢優は、このプロジェクトによって誕生した「プロメテの子」である。表向きは遺伝子操作によって天才児を造る計画だったが、真の目的は来訪者と意思疎通が出来る超能力者・コンタクティを造ることだった。
レーテ
来訪者達が開発した、ウルトラマンのエナジーコアを模した大型記憶消去装置。別名:忘却の海。
5年前に世界中の人々から映画『ULTRAMAN』での出来事に関する記憶を消した後、 TLT-J のセクションゼロに保管されていた。
起動すると来訪者達のエネルギーを消耗する。保管中、老朽化によって封印されていた恐怖が漏れ出し、それが周囲にビーストを生み出す原因を作っていた。
ダークルシフェル
登場予定だったキャラクターだが、放映短縮のため未登場。デザイン画は存在している。後に『ウルトラマンメビウス』に登場したハンターナイトツルギにこのキャラの要素が随所に散りばめられている。
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